Духовными образовательными организациями накоплен достаточный для дальнейшего развития научный потенциал. На сегодняшний день в духовных академиях и семинариях трудятся более 130 профессоров и докторов наук и более 550 кандидатов наук. Для дальнейшего развития этого потенциала в январе 2019 года по Патриаршему благословению был создан Объединенный докторский диссертационный совет на базе Московской, Санкт-Петербургской и Минской духовных академий. Он стал вторым докторским советом в Русской Православной Церкви после Общецерковного докторского диссертационного совета, который действует на базе Общецерковной аспирантуры и докторантуры.
С целью повышения мотивации к научной деятельности профессорско-преподавательского состава по Патриаршему благословению завершаются разработка и внедрение системы рейтинга преподавателей духовных учебных заведений.
Важнейшим направлением духовного образования является воспитательная работа, совершенствованию которой Предстоятель уделяет особое внимание. Важнейшим достижением в этом отношении можно назвать принятое в 2013 г. решение Высшего Церковного Совета и Священного Синода об учреждении в семинариях службы индивидуальных наставников, которые стали примером сочетания воспитания и образования в подготовке будущих пастырей. Свой опыт самообразования, приобретенный еще в юности, Святейший Патриарх творчески применил в современности, ибо основная задача индивидуальных наставников – учить учиться, прививать навык самообразования, который становится жизненной необходимостью.
«Совершенствование учебно-воспитательного процесса должно иметь своим итогом то, что ... будущим священнослужителям необходимо привить навык постоянного и притом самостоятельного самосовершенствования в изучении Священного Писания и церковного Предания. Вот почему огромное значение имеет в духовном образовании самостоятельная работа: она прививает самостоятельность, ответственность и, конечно, развивает творческое мышление».
В настоящее время службы индивидуальных наставников созданы во всех семинариях, на базе МДА разработаны «Методические рекомендации по организации работы индивидуальных наставников в учебных заведениях Русской Православной Церкви», программы их подготовки и переподготовки. Ежегодно на Рождественских чтениях проходят семинары, посвященные работе индивидуальных наставников. Особое внимание уделяется влиянию на становление будущих пастырей современных информационных технологий, социальных сетей, Интернета.
Посещение духовных учебных заведений прочно вошло в практику пастырских визитов Первосвятителя в епархии Русской Церкви. Личное общение, эмоции, беседы – всё это помогает сравнить живой образ школы с сухими цифрами отчётов, уловить динамику изменений, увидеть перспективы и возможности.
Традиционно часто Предстоятель посещает Санкт-Петербургскую духовную академию – место своей молодости и пастырского становления. 12 июля 2016 года он поклонился святыням академического храма святого апостола Иоанна Богослова и обратился к учащим и учащимся своей alma mater с прочувственными словами, которые отзываются в сердце любого выпускника любой семинарии:
«Мне всегда приятно войти в эти стены, вспомнить очень важную часть моей жизни, вспомнить всех тех великих людей, с которыми меня Господь сподобил встречаться здесь, работать вместе. Поминайте наставников ваших. Очень важно нам хранить память о тех, кто был до нас и кто нам передал свои знания, свою любовь к Церкви».
Первоиерарх Русской Церкви всегда старается уделить своё пастырское внимание и заботу тем, кто посвятил жизнь образованию и воспитанию будущего духовенства.